Jak każdy z określonych w Pzp trybów bądź narzędzi służących udzielaniu zamówień publicznych, również system kwalifikowania wykonawców w praktycznym zastosowaniu nie jest rozwiązaniem zupełnym, pozbawionym zagrożeń ujawniających się na etapie realizacyjnym.
W większości są to „choroby wieku dziecięcego”, związane brakiem utartych schematów i rozwiązań, oraz faktem, że system jest narzędziem nowym, więc jego optymalizacja niejako musi odbywać się metodą prób i błędów. Niemniej, korzystając z doświadczenia Spółki PKP Energetyka S.A., można już teraz zidentyfikować i opisać niektóre z zagrożeń, które wiążą się z funkcjonowaniem systemu, oraz zaproponować rozwiązania i działania niezbędne do podjęcia, w celu uniknięcia ich negatywnych skutków.
